Nació en Marktl am Inn, Baviera el 16 de abril de 1927, a las 8:30, en la dirección Schulstraße 11, la casa de sus padres. Fue bautizado el mismo día que nació, que además era un sábado de Gloria, en la diócesis de Passau. Es el tercero y más joven de los hijos de Joseph Ratzinger (n. 6 de marzo de 1877, † 25 de agosto de 1959), un oficial de policía, y de María Peinter (n. 7 enero de 1884, † 16 diciembre de 1963, nacida Peinter). Su familia materna es originaria de Rio di Pusteria (Mühlbach), en el Alto Adigio.
Su hermano Georg Ratzinger (nacido en 1923), también sacerdote, aún vive. Su hermana Maria Ratzinger, quien nunca se casó, administró la casa del cardenal Ratzinger hasta su muerte en 1991. A la edad de cinco años, Ratzinger estaba con un grupo de niños que dieron la bienvenida al visitante cardenal arzobispo de Múnich con flores. Impresionado por la vestimenta del cardenal, más tarde anunció que quería llegar a ese cargo.
Dos años después de su nacimiento, el 11 de julio de 1929, su familia se mudó a Tittmoning y el 5 de diciembre de 1932 se mudó nuevamente, esta vez a Aschau am Inn y fue aquí que Joseph vivió su tiempo escolar, en la década de los 30, después del fortalecimiento del nacionalsocialismo. El padre de Joseph compró una pequeña casa de campo en Hufschlag en Traunstein; este lugar es recordado por Ratzinger como "el verdadero hogar" de su familia.
El padre de Joseph, debido a su trabajo en la gendarmería, debía ser muy flexible en cuanto a su ubicación. A pesar de que sus padres tenían algunas cargas económicas, lo enviaron al seminario de San Miguel, donde se desempeñó como un estudiante dedicado.
Hasta 1939 ningún seminarista había entrado en las Juventudes Hitlerianas. Pero el régimen exigió a partir de marzo la afiliación obligatoria. Hasta octubre, la dirección del Seminario se negó, pero luego no pudo impedir el inscribirlos. Así le sucedió también a Joseph Ratzinger, a sus 14 años. Un testigo relata (según el Frankfurter Allgemeine Zeitung) que los seminaristas eran una "provocación" para los nazis: se los consideraba sospechosos de estar en contra del régimen. En un escrito del Ministerio de Educación se lee que la pertenencia obligatoria a las Juventudes Hitlerianas "no garantiza que los seminaristas realmente se hayan incorporado a la comunidad nacionalsocialista de los pueblos".
A los 16 años, fue llamado a filas, como tantos jóvenes de las Juventudes hitlerianas que al final de la guerra fueron militarizados (los llamados Flakhelfer: ayudantes de artillería antiaérea) y se lo destinó a la protección de la fábrica de BMW en Traunstein, en las afueras de Múnich, ciudad que fue bombardeada masivamente. Prestó servicio entre abril de 1943 y septiembre de 1944. En este tiempo asistió al instituto de segunda enseñanza "Maximiliansgymnasium". A las preguntas de un superior, contestó que quería ser sacerdote. Estuvo luego, tras la instrucción básica, destinado en Austria, concretamente en la protección anti-tanque.
En 1944 comenzó su entrenamiento básico en Hungría, tomó parte en el "Reichsarbeitsdienst" que era un servicio de estrategia nazi, donde él, junto con otros compañeros, construyeron sistemas para cerrar el paso a diferentes tanques de guerra. Ratzinger desertó en los últimos días de la guerra, pero fue hecho prisionero por soldados aliados en un campo cerca de Ulm en 1945.
Después de ser puesto en libertad, en cuanto alumno del seminario diocesano, entonces sito en Traunstein, hizo su examen de bachillerato en "Chiemgau-Gymnasium" (Instituto Chiemgau) en Traunstein.
Desde 1946 hasta 1951 Ratzinger estudió Teología católica y filosofía en la universidad de teología y filosofía de Freising, así como en el Herzogliches Georgianum de la universidad de Múnich y Friburgo. Según sus propias palabras, sus mayores influencias filosóficas, después de un periodo de interés por el neo-Kantismo, fueron sobre todo las obras de Gertrud von le Fort, Ernst Wiechert, Elisabeth Langgässer, Theodor Steinbüchel, Martin Heidegger y Karl Jaspers. Igualmente, se refiere a Fiódor Dostoyevski como una fuerte influencia literaria. En cuanto a los Padres de la Iglesia, estudió con interés a san Agustín de Hipona. Respecto de los escolásticos, su interés se centró en san Buenaventura.
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